住院及特殊病种门诊治疗的结算程序：
1.定点医疗机构于每月10日前，将上月出院患者的费用结算单、住院结算单及有关资料报医疗保险经办机构，医疗保险经办机构审核后，作为每月预拨及年终决算的依据；
2.医疗保险经办机构每月预拨上月的住院及特殊病种门诊治疗的统筹费用；
3.经认定患有特殊疾病的参保人员应到劳动保障部门指定的一家定点医疗机构就医购药，发生的医药费用直接记帐，即时结算。
4.急诊结算程序：参保人员因急诊抢救到市内非定点的医疗机构及异地医疗机构住院治疗，发生的医疗费用，先由个人或单位垫付，急诊抢救终结后，凭医院急诊病历、检查、化验报告单、发票、详细的医疗收费清单等到医疗保险经办机构按规定办理报销手续。
医保报销收据丢通常不能补办，因区域不同，具体的操作略不相同，比如北京、上海等地都可以补办医疗机构住院收费专用票据，只要办理《收据原件移失证明》就可以了。如果不能补办，通过以下的方法同样可以报销相关的费用。
因原始票据遗失而使用复印票据申请费用核销的，必须由患者就医医院在该院留存原件的复印件上加盖印鉴，此印鉴必须是医院结算章、或财务专用章、或收讫章（医院公章无效）。
同时还要在该复印件上标注：“该同志在我医院*年*月*日发生费用***元，情况属实”字样。此外，还要向医保经办机构提供书面申请，说明其票据遗失的原因。
由于遗失票据费用核实及处理工作程序复杂，有的医院每年只集中处理一次遗失票据费用核销事宜。由费用核销申请人向所在辖区医保经办机构提交遗失票据费用核销申请及相关资料。
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