（一）关于《办法》的名称
由于商事制度改革已将大部分前置许可改为后置，无证必无照的情形已经发生了改变，具备了无证和无照分别处理的制度条件，为适应这一变化，《修订草案》将《办法》的名称修改为《无证无照经营查处办法》。同时，由于《行政强制法》没有将“取缔”作为行政强制措施，相关法律行政法规也没有关于“取缔”的明确定义，《修订草案》删去了《办法》名称中的“取缔”。
（二）关于无证无照经营查处机制
从十余年的执法经验来看，查处无照经营涉及多个行政部门，需要各行政机关密切协作，齐抓共管。2010年4月，在中央综治办的支持下，查处无证无照经营被纳入了社会治安综合治理考评机制。这一举措，极大地推动了这项工作的开展，取得了较好的社会效果。《修订草案》增加了建立无证无照经营查处机制的规定，即“县以上人民政府应当加强对无证无照经营查处工作的领导，建立政府主导、由工商行政管理等有关部门组成的查处无证无照经营工作机制，协调和督促有关部门开展查处无证无照经营工作。”
（三）关于无证无照经营的界定
《办法》的第二条规定了：“任何单位和个人不得违反法律、法规的规定，从事无照经营”。在实行“先照后证”制度后，营业执照不再是从事经营活动的唯一合法凭证，对于后置许可项目，经营者在领取营业执照后，还须取得相应的后置行政许可，才能开展经营活动。《修订草案》第二条对于经营者从事经营活动应当取得的证照条件作了规定。
（四）关于查处无证无照经营的部门分工
《修订草案》第四条按照“谁主管、谁负责”的原则，对查处无证无照行为的部门职责分工作了规定。分为三种情形：一是无须取得前置许可证或者其他批准文件即可取得营业执照而未依法取得营业执照，擅自从事经营活动的无照经营行为，由工商行政管理部门依法查处；二是应当取得而未依法取得许可证或者其他批准文件和营业执照，擅自从事经营活动的既无证又无照经营行为，由工商行政管理部门和许可审批部门依法查处；三是已经取得营业执照，但是擅自从事应当取得许可证或者其他批准文件方可从事的经营活动的无证经营行为，由许可审批部门依法查处。
（五）关于强制变更
《办法》第六条、第七条对许可审批部门吊销、撤销许可证、其他批准文件后的工作职责和时限作了规定，但对于工商部门仅规定了：“撤销注册登记或者吊销营业执照，或者责令当事人依法办理变更登记。”为使工商登记与前置许可相符，《修订草案》增加了：“当事人拒不办理变更登记的，工商行政管理部门应当对当事人的经营范围登记事项予以强制变更”的规定。
（六）关于行政强制权
对于无照经营的查处需要行政机关采取行政强制措施。《办法》仅将对无照经营的行政强制权赋予了工商行政管理部门。考虑到在实行先照后证后，各主管机关都负有查处无证经营的职权，《修订草案》将《办法》的第九条至第十三条赋予工商行政管理部门的行政强制权，同样赋予了其他主管部门，将“工商行政管理部门”修改为“行政机关”。
（七）关于行政强制措施期限
《办法》第十一条规定的查封、扣押期限与《行政强制法》的相关规定不一致。《修订草案》按照《行政强制法》的相关规定作了修改。
（八）关于对无证无照经营的处罚
《办法》第十四条对无照经营行为的行政处罚作了规定。但是从工商行政管理部门十余年的执法实践看，涉及危害人体健康、存在重大安全隐患、威胁公共安全、破坏环境资源的案件数量不到全部查处无照经营案件的1%，涉及行政许可的无照经营案件数量不到全部案件数量的四分之一，即将近四分之三的无照经营案件为一般违法行为。考虑到无证无照经营的社会危害差异较大，《修订草案》对无证无照经营的处罚按照其对社会稳定及市场秩序的危害程度作了调整。
（九）关于例外处理
《办法》第二十一条规定了:“农民在集贸市场或者地方人民政府指定区域内销售自产的农副产品不属于本办法规定的无证无照经营行为。”为进一步搞活市场流通，方便群众生活，降低社会交易成本，《修订草案》删去了《办法》中的“农民”、“自产”的限制性规定，同时增加了“以及除食品、药品外的日常生活用品”。
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